VCCI đề xuất tháo gỡ rào cản thuế cho doanh nghiệp nông nghiệp

Theo quy định, các sản phẩm chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường chịu thuế suất 5%.

Vướng mắc thuế GTGT đè nặng doanh nghiệp

Sau hơn ba tháng thực thi Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) ghi nhận nhiều khó khăn phát sinh trong ngành nông nghiệp. Các hiệp hội ngành hàng như Chế biến và xuất khẩu thủy sản (VASEP), Cà phê – Ca cao, Hồ tiêu, Chăn nuôi, Lương thực – Thực phẩm, Gỗ và Lâm sản phản ánh rằng thủ tục hoàn thuế GTGT hiện nay quá phức tạp và kéo dài, ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh và chuỗi cung ứng. Theo quy định, các sản phẩm chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường chịu thuế suất 5%.

Tuy nhiên, thực tế các mặt hàng nông sản như cà phê, hồ tiêu, tôm, cá, gỗ nguyên liệu chỉ trải qua các công đoạn sơ chế như bóc vỏ, phơi, sấy… gần như không phát sinh giá trị gia tăng thực chất. Việc áp thuế 5% cho nhóm này tạo gánh nặng tài chính bất hợp lý, đặc biệt khi lợi nhuận biên của các ngành hàng này rất thấp, chỉ từ 1–3%. Chẳng hạn, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD. Cơ chế “thu trước – hoàn sau” buộc doanh nghiệp phải ứng vốn lớn, làm tăng giá thành xuất khẩu và giảm lợi thế cạnh tranh so với các quốc gia như Brazil, Indonesia hay Ấn Độ, nơi hàng nông sản thô được miễn thuế.

Việc này không chỉ ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng thu mua nguyên liệu từ nông dân mà còn gây áp lực trong việc duy trì chuỗi cung ứng ổn định, nhất là trong các mùa vụ cao điểm. Thêm vào đó, nhiều cơ quan thuế địa phương áp thuế 5% với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá… khi bán ở khâu thương mại, gây bất lợi cạnh tranh. Trong khi đó, Luật Chăn nuôi và Thông tư 21/2019/TT-BNNPTNT quy định thức ăn chăn nuôi không chịu thuế. Thực tế này làm tăng chi phí sản xuất thức ăn trong nước, đồng thời hạn chế tiêu thụ nguyên liệu nông sản nội địa, ảnh hưởng lâu dài đến thị trường.

VCCI cũng lưu ý tình trạng hoàn thuế kéo dài nhiều tháng, thậm chí từ chối do lỗi của bên bán, mặc dù doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế và lưu giữ chứng từ hợp pháp. Quy định mới yêu cầu bên bán phải kê khai và nộp thuế mới được hoàn thuế là bất hợp lý, chuyển rủi ro từ cơ quan quản lý sang doanh nghiệp. Ngoài ra, khống chế mức hoàn thuế tối đa 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ không phù hợp với đặc thù mùa vụ nông nghiệp, khiến doanh nghiệp gặp khó khăn trong thanh khoản và thu mua nguyên liệu từ nông dân. Phần lớn nguyên liệu đầu vào đến từ hộ nông dân nhỏ lẻ không có hóa đơn VAT, gây khó khăn trong khấu trừ hoặc hoàn thuế. Yêu cầu truy xuất nguồn gốc từng hộ dân là không khả thi, đặc biệt với chuỗi cung ứng phân tán như gỗ, thủy sản, lâm sản.

Các doanh nghiệp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử cũng gặp khó khăn do chưa được phép dùng hóa đơn điện tử hoặc chứng từ số thay thế, dẫn đến không thể hoàn thuế dù hàng hóa hợp pháp. Một số doanh nghiệp còn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế dù đã thanh toán đầy đủ. Mức xử phạt hành chính hiện nay (5–8 triệu đồng) áp dụng ngay cả với sai sót kỹ thuật nhỏ, gây áp lực lớn cho doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi mô hình. Những bất cập này không chỉ làm giảm tính thanh khoản và năng lực cạnh tranh, mà còn ảnh hưởng đến uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh các thị trường yêu cầu minh bạch chuỗi cung ứng như EU (EUDR).

Giải pháp nâng cao quản trị thuế doanh nghiệp

Theo VCCI, doanh nghiệp trong nhiều ngành hàng chủ lực phản ánh vướng mắc chính sách thuế giá trị gia tăng.

Để tháo gỡ khó khăn, VCCI đề xuất một loạt giải pháp nhằm nâng cao hiệu quả quản trị thuế và hỗ trợ doanh nghiệp xuất khẩu. Trước hết, cần rà soát và điều chỉnh các quy định về phạm vi chịu thuế GTGT với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường. Việc áp thuế 5% hiện nay chưa phản ánh đúng bản chất thuế GTGT; có thể xem xét khôi phục hoặc áp dụng có thời hạn quy định “không phải kê khai, tính thuế” như từng áp dụng tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP.

Bộ Nông nghiệp và Môi trường cần phối hợp ban hành danh mục cụ thể các loại sản phẩm sơ chế thông thường cho từng ngành, đảm bảo áp dụng đồng bộ giữa các địa phương, tạo sự thống nhất trong quản lý và giảm tranh cãi về cách hiểu pháp luật. Song song đó, thủ tục hoàn thuế GTGT cần được cải cách mạnh mẽ, hướng tới đơn giản hóa quy trình, minh bạch hóa thông tin và giảm thiểu rủi ro cho doanh nghiệp. Cơ chế hoàn thuế tự động với hồ sơ hợp lệ, không có dấu hiệu gian lận, cùng hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp sẽ giúp tiết kiệm thời gian, chi phí và nâng cao hiệu quả giám sát.

Việc số hóa quy trình cũng hỗ trợ doanh nghiệp quản trị nội bộ tốt hơn, minh bạch tài chính và nâng cao uy tín trong mắt đối tác quốc tế. Ngoài ra, cần điều chỉnh quy định về điều kiện hoàn thuế, loại bỏ yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi bên bán đã kê khai, nộp thuế. Trách nhiệm quản lý nghĩa vụ thuế của người bán phải thuộc cơ quan thuế, không thể chuyển giao rủi ro sang người mua, đảm bảo doanh nghiệp không bị thiệt hại do lỗi của bên thứ ba.

Cùng với đó, hướng dẫn pháp lý cần được ban hành để tháo gỡ vướng mắc trong giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân – lực lượng sản xuất chủ lực nhưng chưa có cơ chế phù hợp tham gia chuỗi cung ứng hiện đại. Doanh nghiệp có thể sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn theo mẫu Thông tư 78/2021/TT-BTC làm chứng từ thay thế để khấu trừ và hoàn thuế. Đồng thời, cần hướng dẫn rõ ràng về các trường hợp miễn thuế GTGT cho hộ nông dân nhỏ lẻ, nhằm hỗ trợ thu mua nguyên liệu nội địa và hình thành chuỗi cung ứng ổn định.

Trong bối cảnh thương mại điện tử và xuất khẩu qua các nền tảng như Amazon, Alibaba…, cơ chế hoàn thuế cũng cần linh hoạt, cho phép sử dụng chứng từ điện tử và dữ liệu giao dịch số để xác minh. Điều này giúp doanh nghiệp bắt kịp xu hướng xuất khẩu toàn cầu, nâng cao khả năng cạnh tranh và giảm áp lực thủ tục hành chính. Hệ thống xử phạt hành chính thuế cần được rà soát, phân loại mức độ vi phạm và áp dụng hợp lý, nhân văn, đặc biệt với doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi. Cơ chế khoan hồng với vi phạm lần đầu và miễn phạt cho sai sót nhỏ dưới 50.000 đồng sẽ khuyến khích tuân thủ tự nguyện, nâng cao ý thức chấp hành pháp luật, góp phần xây dựng một hệ thống quản trị thuế minh bạch, bền vững và hiệu quả hơn.

Điều tra chống bán phá giá Ấn Độ: Hàng Việt cần làm gì để không mất thị phần?

Hội chợ Mùa thu 2025: Cơ hội "vàng" cho hàng nghìn mặt hàng Việt chinh phục thị trường

“Chìa khóa vàng” mở rộng ưu đãi thuế quan cho hàng Việt

Hàng Việt khai thác EVFTA, mở rộng thị trường xuất khẩu

Hàng Việt tiến vào Campuchia: 94 doanh nghiệp tạo làn sóng mới